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</td></tr>

<tr>

</td></tr>

<tr>

<td colspan="2" style="text-align:center; font-size:90%; opacity:0.7;">Manuelle Anmerkung für jedes Experiment

</td></tr>

<tr>

<td colspan="2" class="medien-titel">Genexpression zwischen verschiedenen Arten und Bedingungen

</td></tr>

<tr>

<th>Sprachen

</th>

<td>Englisch

</td></tr>

<tr>

<th>Online

</th>

<td>seit Juni 2007

</td></tr>

<tr>

<th colspan="2" class="medien-titel"><a rel="nofollow" class="external free" href="https://www.bgee.org/">https://www.bgee.org/</a>

</th></tr></tbody></table>

<p><b>Bgee</b> ist eine <a href="Biologische_Datenbanken" class="mw-redirect" title="Biologische Datenbanken">Datenbank</a>, die vom <a href="Swiss_Institute_of_Bioinformatics" title="Swiss Institute of Bioinformatics">Schweizer Institut für Bioinformatik</a> (SIB) und der <a href="Universit%C3%A4t_Lausanne" title="Universität Lausanne">Universität Lausanne</a> zur Abfrage und zum Vergleich von <a href="Genexpression" title="Genexpression">Genexpressions</a>mustern aus <a href="RNA-Seq" title="RNA-Seq">RNA-Seq</a>-, <a href="RNA-Seq" title="RNA-Seq">scRNA-Seq</a>-, <a href="DNA-Chip-Technologie" title="DNA-Chip-Technologie">Microarray</a>-, <a href="In-situ-Hybridisierung" title="In-situ-Hybridisierung">In-situ-Hybridisierung</a>- und <a href="Expressed_Sequence_Tag" title="Expressed Sequence Tag">EST</a>-Studien über verschiedene <a href="Art_(Biologie)" title="Art (Biologie)">biologische Spezies</a> aus dem Reich der <a href="Tier" title="Tier">Tiere</a> gepflegt wird.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Bgee gibt eine Antwort auf die Frage, <i>wo ein Gen exprimiert wird</i>, und unterstützt die Forschung in den Bereichen <a href="Krebs_(Medizin)" title="Krebs (Medizin)">Krebs</a> und <a href="Landwirtschaft" title="Landwirtschaft">Landwirtschaft</a> sowie in der <a href="Evolutionsbiologie" title="Evolutionsbiologie">Evolutionsbiologie</a>.

</p><p>Bgee basiert ausschliesslich auf kuratierten, gesunden <a href="Wildtyp" title="Wildtyp">Wildtyp</a>-Expressionsdaten (d. h. keine <a href="Gen-Knockout" title="Gen-Knockout">Gen-Knockouts</a>, keine Behandlung, keine <a href="Krankheit" title="Krankheit">Krankheit</a>), um einen vergleichbaren Referenzwert für die Expression gesunder Wildtyp-Gene bereitzustellen.

</p><p>Bgee liefert Aussagen über Vorhandensein/Abwesenheit von Expression sowie über differentielle Über-/Unterexpression, integriert mit Informationen zur <a href="Homologie_(Genetik)" title="Homologie (Genetik)">Genorthologie</a>, und zur <a href="Homologie_(Biologie)" title="Homologie (Biologie)">Homologie</a> zwischen <a href="Organ_(Biologie)" title="Organ (Biologie)">Organen</a>. Dies ermöglicht Vergleiche von Expressionsmustern zwischen <a href="Art_(Biologie)" title="Art (Biologie)">Arten</a> und ermöglicht die Suche nach <a href="Gen" title="Gen">Genen</a>, <a href="Organ_(Biologie)" title="Organ (Biologie)">Organen</a> / <a href="Gewebe_(Biologie)" title="Gewebe (Biologie)">Geweben</a> / <a href="Zelltyp" title="Zelltyp">Zelltypen</a> und <a href="Entwicklungsbiologie" title="Entwicklungsbiologie">Entwicklungsstadien</a>.

</p><p>Bgee ist Teil der <i>Global Core Biodata Resources</i> (GCBRs). Bgee ist auch eine der <a href="Elixir_(Forschungs-Netzwerk)" title="Elixir (Forschungs-Netzwerk)">ELIXIR</a> Recommended Interoperability Resources, die die <a href="FAIR-Prinzipien" title="FAIR-Prinzipien">FAIR</a>-unterstützenden Aktivitäten in der wissenschaftlichen Forschung fördert.

</p>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Literatur">Literatur</h2></div>

<ul><li>Anne Niknejad, Christopher J. Mungall, David Osumi-Sutherland, Marc Robinson-Rechavi, Frederic B. Bastian: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Creation and unification of development and life stage ontologies for animals</cite>. Hrsg.: Cornell University. 24. Juni 2022, <a href="ArXiv" title="ArXiv">arxiv</a>:<a rel="nofollow" class="external text" href="https://arxiv.org/abs/2206.12231">2206.12231</a> (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Bgee&rft.au=Anne+Niknejad%2C+Christopher+J.+Mungall%2C+David+Osumi-Sutherland%2C+...&rft.btitle=Creation+and+unification+of+development+and+life+stage+ontologies+for+animals&rft.date=2022-06-24&rft.genre=book" style="display:none"> </span></li>

<li>Andrea Komljenovic, Julien Roux, Julien Wollbrett, Marc Robinson-Rechavi, Frederic B. Bastian: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">BgeeDB, an R package for retrieval of curated expression datasets and for gene list expression localization enrichment tests</cite>. In: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">F1000Research</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>5</span>, 2018, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>2748</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.12688/f1000research.9973.2">10.12688/f1000research.9973.2</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30467516?dopt=Abstract">PMID 30467516</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6113886/">PMC 6113886</a> (freier Volltext) – (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Bgee&rft.atitle=BgeeDB%2C+an+R+package+for+retrieval+of+curated+expression+datasets+and+for+gene+list+expression+localization+enrichment+tests&rft.au=Andrea+Komljenovic%2C+Julien+Roux%2C+Julien+Wollbrett%2C+...&rft.btitle=F1000Research&rft.date=2018&rft.doi=10.12688%2Ff1000research.9973.2&rft.genre=book&rft.pages=2748&rft.pmc=6113886&rft.pmid=30467516&rft.volume=5" style="display:none"> </span></li>

<li>Melissa A. Haendel, James P. Balhoff, Frederic B. Bastian, David C. Blackburn, Judith A. Blake, Yvonne Bradford, Aurelie Comte, Wasila M. Dahdul, Thomas A. Dececchi, Robert E. Druzinsky, Terry F. Hayamizu, Nizar Ibrahim, Suzanna E. Lewis, Paula M. Mabee, Anne Niknejad, Marc Robinson-Rechavi, Paul C. Sereno, Christopher J. Mungall: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Unification of multi-species vertebrate anatomy ontologies for comparative biology in Uberon</cite>. In: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">J Biomed Semantics</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>5</span>, 2014, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>21</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1186/2041-1480-5-21">10.1186/2041-1480-5-21</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25009735?dopt=Abstract">PMID 25009735</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4089931/">PMC 4089931</a> (freier Volltext) – (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Bgee&rft.atitle=Unification+of+multi-species+vertebrate+anatomy+ontologies+for+comparative+biology+in+Uberon&rft.au=Melissa+A.+Haendel%2C+James+P.+Balhoff%2C+Frederic+B.+Bastian%2C+...&rft.btitle=J+Biomed+Semantics&rft.date=2014&rft.doi=10.1186%2F2041-1480-5-21&rft.genre=book&rft.pages=21&rft.pmc=4089931&rft.pmid=25009735&rft.volume=5" style="display:none"> </span></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Weblinks">Weblinks</h2></div>

<ul><li><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://elixir-europe.org/news/resource-announcement-2023"><i>Bgee is a new ELIXIR Recommended Interoperability Resources.</i></a> ELIXIR, 14. Dezember 2023 <span class="error" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> <span class="error editoronly" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3ABgee&rft.title=Bgee+is+a+new+ELIXIR+Recommended+Interoperability+Resources&rft.description=Bgee+is+a+new+ELIXIR+Recommended+Interoperability+Resources&rft.identifier=https%3A%2F%2Felixir-europe.org%2Fnews%2Fresource-announcement-2023&rft.publisher=ELIXIR&rft.date=2023-12-14&rft.language=en"> </span></li>

<li><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://globalbiodata.org/global-biodata-coalition-announces-outcome-of-2023-global-core-biodata-resource-selection-process/"><i>Bgee joins the Global Core Biodata Resources.</i></a> GCB Global Biodata Coalition, 11. Dezember 2023 <span class="error" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> <span class="error editoronly" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3ABgee&rft.title=Bgee+joins+the+Global+Core+Biodata+Resources&rft.description=Bgee+joins+the+Global+Core+Biodata+Resources&rft.identifier=https%3A%2F%2Fglobalbiodata.org%2Fglobal-biodata-coalition-announces-outcome-of-2023-global-core-biodata-resource-selection-process%2F&rft.publisher=GCB+Global+Biodata+Coalition&rft.date=2023-12-11&rft.language=en"> </span></li>

<li><span class="cite"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.sib.swiss/news/from-v1-to-v14-the-gene-expression-database-bgee-under-the-spotlight"><i>About Bgee.</i></a> SIB Swiss Institute of Bioinformatics, 4. Januar 2021 <span class="error" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> <span class="error editoronly" style="display:none">Vorlage:Internetquelle | <code>abruf=</code>2026-MM-TT ist Pflichtparameter</span> (englisch).</span><span style="display: none;" class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Adc&rfr_id=info%3Asid%2Fde.wikipedia.org%3ABgee&rft.title=About+Bgee&rft.description=About+Bgee&rft.identifier=https%3A%2F%2Fwww.sib.swiss%2Fnews%2Ffrom-v1-to-v14-the-gene-expression-database-bgee-under-the-spotlight&rft.publisher=SIB+Swiss+Institute+of+Bioinformatics&rft.date=2021-01-04&rft.language=en"> </span></li></ul>

<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>

<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">F. B. Bastian, G. Parmentier, J. Roux, S. Moretti, V. Laudet, M. Robinson-Rechavi: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Data Integration in the Life Sciences</cite> (= <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Lecture Notes in Computer Science</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>5109</span>). 2008, ISBN 978-3-540-69827-2, Bgee: Integrating and Comparing Heterogeneous Transcriptome Data Among Species, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>124–131</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1007/978-3-540-69828-9_12">10.1007/978-3-540-69828-9_12</a></span> (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abookitem&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Bgee&rft.atitle=Bgee%3A+Integrating+and+Comparing+Heterogeneous+Transcriptome+Data+Among+Species&rft.au=F.+B.+Bastian%2C+G.+Parmentier%2C+J.+Roux%2C+...&rft.btitle=Data+Integration+in+the+Life+Sciences&rft.date=2008&rft.doi=10.1007%2F978-3-540-69828-9_12&rft.genre=bookitem&rft.isbn=9783540698272&rft.pages=124-131&rft.series=Lecture+Notes+in+Computer+Science" style="display:none"> </span></span>

</li>

<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">F. B. Bastian, J. Roux, A. Niknejad, A. Comte, S. S. Fonseca Costa, T. Mendes de Farias, S. Moretti, G. Parmentier, V. Rech de Laval, M. Rosikiewicz, J. Wollbrett, A. Echchiki, A. Escoriza, W. Gharib, M. Gonzales-Porta, Y. Jarosz, B. Laurenczy, P. Moret, E. Person, P. Roelli, K. Sanjeev, M. Seppey, M. Robinson-Rechavi: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">The Bgee suite: integrated curated expression atlas and comparative transcriptomics in animals</cite>. In: <cite class="lang" lang="en" dir="auto" style="font-style:italic">Nucleic Acids Research</cite>. <span style="white-space:nowrap">Band<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>49</span>, D1, Januar 2021, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>D831–D847</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1093/nar%2Fgkaa793">10.1093/nar/gkaa793</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33037820?dopt=Abstract">PMID 33037820</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7778977/">PMC 7778977</a> (freier Volltext) – (englisch).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Bgee&rft.atitle=The+Bgee+suite%3A+integrated+curated+expression+atlas+and+comparative+transcriptomics+in+animals&rft.au=F.+B.+Bastian%2C+J.+Roux%2C+A.+Niknejad%2C+...&rft.date=2021-01&rft.doi=10.1093%2Fnar%2Fgkaa793&rft.genre=journal&rft.issue=D1&rft.jtitle=Nucleic+Acids+Research&rft.pages=D831-D847&rft.pmc=7778977&rft.pmid=33037820&rft.volume=49" style="display:none"> </span></span>

</li>

</ol></div><div><div class="zim-footer">

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